本監隸屬法務部矯正署，設典獄長１人綜理全監事務，並兼任看守所所長職務，副典獄長１人及秘書１人，襄助典獄長處理監務及綜核文稿，下分設調查分類、教化、作業、衛生、戒護、總務６科及人事、會計、統計、政風４室等單位，分掌各該科室主管業務，並兼辦看守所各相關業務，且由各科室主管組成監務委員會。另設假釋審查會，遴聘專家學者參與審查受刑人假釋，以建立客觀、公正之假釋審核制度。
法務部矯正署高雄第二監獄機關組織圖
