法務部矯正署高雄第二監獄（以下簡稱本監），於民國100年元月1日法務部矯正署成立，由臺灣高雄第二監獄改制並與高雄看守所合署辦公。

高雄看守所(高雄第二監獄前身)時代

臺灣高雄看守所原址位於高雄市鼓山區鼓山1路161巷66號，原為日據時期台南地方法院高雄出張所，臺灣光復初期，作為羈押刑事被告之看守所，而附設於台灣高雄監獄。至民國37年3月8日依法劃分成立時，因陋就簡，將舊有房舍稍事休葺擴充後，勉可敷用。

迨至民國73年因原地不敷使用，而且房舍老舊，各項設施已不符現代刑事政策之要求，乃依據「法務部改善監所設施6年計劃」案，擇定高雄縣燕巢鄉正德新村現址興建新所。

75年5月4日正式完工落成啟用，新所三面環山，空氣清新，佔地7.8768公頃，全部廳舍為2樓鋼筋混泥土建造，堅固實用，舍房採背靠背式，獨居房與雜居房各佔其半，對防止被告脫逃、串供或湮滅、偽造、變造證據，極具實效。

85年5月20日依據「毒品危害防制條例」之規定成立「附設觀察勒戒處所」兼辦觀 察勒戒業務。100年10月1日起奉指示調整為接收嘉義以南地區女性受觀察勒戒人業務 。

88年5月18日附設「臺灣屏東戒治所高雄分所」、「臺灣高雄女子戒治所高雄分所 」。至95年10月1日臺灣高雄戒治所奉准成立後即終止實務運作。

法務部矯正署高雄第二監獄時代

91年1月1日，奉行政院核准在臺灣高雄看守所現址改制成立臺灣高雄第二監獄，並與臺灣高雄少年觀護所合署辦公。

92年11月1日奉法務部指示成立南區接收調查分類監獄，收容台南縣市、高雄縣市、屏東縣市等各地方法院檢察署指揮執行刑期1年6月以上之男性受刑人，並接受新收調查分類後，再移至各監獄執行。而於99年12月1日即停止南區接收任務，核定收容刑期 5年以下之受刑人。

95年10月1日臺灣高雄少年觀護所結束與本監合署關係，改與臺灣高雄少年觀護所原址改制成立之臺灣高雄戒治所合署辦公。

100年1月1日法務部矯正署成立，由臺灣高雄第二監獄改制並與高雄看守所合署辦公。

配合矯正署提昇女性收容專業處遇，自105年1月6日起，裁撤高雄看守所(與高雄第二監獄合署辦公)附設女所，調整本監女性收容人至矯正署高雄女子監獄收容。